侯一元作为致仕的高官，在地方社会中，依然会遭遇波折——嘉靖二十六年（），浙江巡按御史裴绅游雁荡山，命章玄梅续修雁荡山志，侯一元参与编修。
如：《柬吴来源》《舟迎五首次韵酬吴山人三首》《郭公山拟成小筑次鹿山韵》《春晖楼次吴山人韵》《次韵赠吴鹿山还雁山二首》《雨不窥园有述四首呈鹿山海方》《小诗奉慰鹿山殇子兼以奉速》等。
乐清县志的编纂南閤章氏的吴宗孔及其子吴朝科共同参与了乐清县志的编纂。郑公燮是侯一元外甥，从侯一麟为其姐姐和姐夫郑谨所作《双节序》中可知，“夫若吾甥国相公燮，天资聪睿，经籍淹洽，志趣雅驯，器度温润，皆补邑诸生。而燮已占高等，食惊廪，咸期远诣者也，则所以恢广文未究之业，发乡宾已积之蕴者，其可量乎？”
县志的纂修成员，不仅都是侯氏家族成员及其姻亲，而且南郭陈氏、南閤章氏与蒲岐侯氏，本身都是明代乐清在科名宦业上最为成功的家族。根据王叔杲所作墓志，赵性鲁共有两个儿子，都是国子生，已先卒；4个孙子，赵徽制、赵徽敕、赵徽彝，俱是邑庠生，赵士桢，是文华殿中书。
从在地方社会的影响力来说，也似乎不能与侯氏相比较。是否有人参加县志编纂，是否拥有县志主纂之职，从一个侧面反映了以科名宦业为核心的宗族实力。
作为县志主纂者，侯一元掌握着选择书写内容以及如何书写的话语权。从他写的《上当道诸公求改辑县志书》中可知，赵氏在修志过程中曾找到他，希望将赵性鲁由翰艺改入荐辟，并要求立传，被侯一元拒绝。
赵氏找到侯一麟，希望私自更改，令侯一元更为气愤。他认为赵性鲁私德有亏，不能立传。且立传必须事实铺叙，赵性鲁没有。而赵氏所攻击的一个焦点是侯一元在县志编纂中是否徇私，将自己宗族的内容过多地写入族谱。
侯一元在写给侯一麟的《与弟书》中说到，侯一麟曾建议应该在县志中为兄长和自己的儿子侯化邦作传，“始吾之志人物也，弟固谓仲兄学谕之宜传也，以醇厚也。吾则以无事实，虽弟累书争之，而弗能从也。某父母又谓吾亡儿之可传也，以孝谨也。吾则谓其学¨知道，虽某公一见一言之，而亦弗能从也。”
侯一元的兄长侯一中，字舜用，号凤山，嘉靖贡生，选授叶县训导，官至桐柏教谕，卒于嘉靖四十四年（）。侯一元的次子侯化邦，嘉靖三十四年（）中举人，隆庆五年去世，年仅40岁。侯一元认为这两位亲人无事实以立传，“虽弟累书争之，而弗能从也”，侯一元以此在说明自己在作传时并不以关系的亲近为原则。
侯一元在信中还讲到删掉侯一麟所作小序的事情，“剗去弟之小叙，坐客既争言其不可，而弟亦嘿嘿如不自得，何哉？曩弟之请叙也，谓非自为名也，又非为吾名也，以为志之体当如是而已耳。论其为书也，非论其人也；论其心也，非论其迹也；如是而已耳。而吾则非贤也，固不能无避嫌也。”
目前温州图书馆所藏玉海楼抄本的的隆庆《乐清县志》中确实未收录侯一麟所作之小序，但侯一麟的《龙门集》中录有。“时竞夸诩，炫示编帙。先生曰：‘先人后已，吾辈事也。’故昆弟有作，虽藻饰而靡实用，并不入录。”
侯一麟已经作《乐清志目》小序，但最终被删掉，原因“藻饰而靡实用”，但事实上可能和因与赵氏引发的舆论有关。
在这篇书信中，侯一元还就是否“行腹臆之私”作了回应，故其初虽诬我以货贿也，姻亲也，货殖传也，侯氏谱也，族属苞苴之录十而八九也，而固无可指也。今之谤书顿异于是，亦惟曰“行腹臆之私，罕忠孝之意”而已，是其本情之露也。夫是非予夺，主之一心，谓其腹臆，观其指摘亦巧矣，然人物总一百四十二人，而侯姓仅五人焉。
列女总六十七人，而侯之妇仅三人，女二人焉；所谓人物十居八九者，果安在哉？诚有货殖、苞苴之录，则何不一一指而数之哉？若其他所捏某人也、某事也，既皆曰有案，则又焉得而诬我哉？观者第询其人之为良为奸，与其世济之为善为恶，而亦足以知其同声之应，同气之求也已，吾何言哉？“侯氏谱也，族属苞苴之录十而八九也。”
可见侯一元已经被指摘过多的把族谱内容写入县志。侯一元以具体数据来反驳，“人物总一百四十二人，而侯姓仅五人焉；列女总六十七人，而侯之妇仅三人，女二人焉；所谓人物十居八九者，果安在哉？”。
隆庆《乐清县志》的分析以下便以现今所存隆庆《乐清县志》分析，事实是否如侯一元所说。首先侯一元的文章被大量收录到新编修的县志中，卷一壤地中，叙城池时，附有侯一元的《乐清县城记》。
在山川部分，说到雁荡山时，附有侯一元的《雁山供亿议》；卫所部分，附有侯一元所作《重建卫城磐石记》。在卷四秩祀部分，附有侯一元所作《张公祠记》、《二贤祠记》。
以五篇文章皆是全文收录，此外还有《重修县学记》、《城鹗头记》等文章仅有所介绍，未收录全文。在最为